the platform
네 단계가 하나의 닫힌 루프로
루프는 측정에서 닫힙니다. 실험실에서 돌아온 친화도(affinity)·발현량(expression)·열안정성(thermostability)이 다음 라운드의 스코어링을 보정합니다.
표적
표적 하나면 시작합니다. 에피토프와 범위는 함께 정합니다.
설계
생성 모델이 제안하고, 물리 기반 계산이 점수를 매겨 순위를 정합니다.
생산
벤치로 넘어가는 목록을 좁힙니다. 수백이 아니라 수십 개만 만듭니다.
측정
무엇을 측정할지 먼저 설계합니다. 친화도·발현량·열안정성.
학습
돌아온 수치가 스코어링을 보정합니다. 라운드마다 예측이 날카로워집니다.
실험은 의뢰 기관의 시설이나 위탁 시설에서 수행됩니다. 무엇을 만들고 무엇을 측정할지는 저희가 설계하고, 돌아온 결과를 다음 설계로 돌립니다.
무엇을 하는가
세 갈래, 하나의 엔진
단백질 설계, 저분자 설계, 그리고 둘을 함께 떠받치는 플랫폼. 각각 별도의 페이지로 정리했습니다.
protein design
단백질을 처음부터 설계합니다
표적 구조와 epitope 유연성을 반영해 결합 서열을 생성하고, 친화도·개발성까지 함께 최적화합니다. 종양 항원이든 바이러스 표면 당단백질이든 같은 경로로 들어갑니다.
항체 설계
표적 항원에 결합하는 완전 신규 항체를 생성합니다.
나노바디
작고 안정적인 단일 도메인 바인더를 설계합니다.
미니바인더
작은 de novo 미니단백질로 난이도 높은 표적을 공략합니다.
신규 단백질
구조와 서열을 백지에서 생성해 새로운 기능을 부여합니다.
이중·다중특이
여러 표적을 하나의 분자로 잇는 이중기능 설계.
T세포 관여자
종양 항원과 T세포를 연결해 세포독성을 유도합니다.
단백질 상호작용
PPI를 표적하거나 차단하는 바인더를 만듭니다.
펩타이드·마크로사이클
구속형 펩타이드로 평평한 표적면을 공략합니다.
효소 설계
새로운 촉매 활성을 갖는 효소를 설계합니다.
아홉 가지 모두 지금 설계합니다 — 백지에서 만들거나, 있는 것을 다시 설계하거나. 그 설계를 떠받치는 구조와 논문은 Research에서 확인하실 수 있습니다.
small molecule · chemistry
화학 공간을 탐색하고 설계합니다
초대규모 화학 공간을 가상 스크리닝하고, 저분자와 PROTAC을 원자 단위로 설계합니다. 결합친화도·물성·독성을 함께 예측합니다. 포켓이 뚜렷한 효소 — 바이러스 프로테아제가 그런 표적입니다 — 에서 특히 강합니다.
가상 스크리닝
수십억 단위 화합물 공간을 생성·평가해 히트를 선별합니다.
도킹·결합친화도
단백질 유연성을 반영해 결합 포즈와 친화도를 예측합니다.
구조기반 설계
포켓 구조에 맞춰 결합 분자를 설계합니다.
저분자 신규 설계
새로운 scaffold를 생성해 표적 맞춤 분자를 만듭니다.
PROTAC·분자접착제
표적·E3 ligase를 잇는 분해유도 이중기능 분자를 설계합니다.
물성·독성 예측
흡수·분포·대사·배설·독성을 초기 단계에서 평가합니다.
리드 최적화
활성과 물성을 동시에 끌어올려 후보를 다듬습니다.
프래그먼트 설계
작은 조각에서 결합을 키워 리드로 성장시킵니다.
공유결합 억제제
반응성 warhead로 비가역 결합 분자를 설계합니다.
in focus — PROTAC
분해유도제는 이렇게 작동합니다
PROTAC은 한쪽 warhead가 표적(BRD4)에, 다른 쪽이 E3 ligase(CRBN)에 결합하는 이중기능 분자입니다. 두 단백질을 연결해 ternary complex를 만들고 표적을 분해로 이끕니다.
platform · engine
하나의 엔진 위에서
설계로 끝나지 않습니다. 무엇이 발현되는지, 얼마나 세게 붙는지, 얼마나 안정한지 — 그 숫자가 돌아와 다음 설계를 바꿉니다.
구조 예측·유연성 모델링·다중 물성 최적화가 모든 모달리티를 뒷받침합니다.
구조 예측
folding을 예측해 설계의 토대를 만듭니다.
복합체·도킹 예측
단백질 복합체 구조와 결합 양상을 예측합니다.
유연성 모델링
표적·에피토프의 유연성을 반영해 정밀도를 높입니다.
다중 물성 최적화
상충하는 물성들을 한 번에 목표 프로파일로 맞춥니다.
생성 파운데이션 모델
설계를 이끄는 대규모 생성 모델을 운용합니다.
분자동역학
동역학·에너지 계산으로 설계를 사전 평가합니다.
설계→검증 루프
실험 데이터를 다시 모델로 돌려 반복 개선합니다.
표적 발굴·평가
오믹스·문헌을 분석해 표적을 찾고 druggability를 평가합니다.
생산 · 제조 적합성
만들 수 있는 분자로 설계합니다
만들 수 없는 분자는 치료제가 되지 못합니다. 발현 시스템과 서열 수준의 생산 적합성은 설계 단계에서 함께 잡습니다. 공정 자체는 파트너 시설에서 수행되고, 돌아온 데이터가 다음 설계와 조건 제안에 반영됩니다.
발현 숙주·컨스트럭트
CHO·HEK293·E.coli·Sf9 중 표적에 맞는 시스템을 고르고 컨스트럭트를 설계합니다.
당화·서열 liability
glycan 부위와 deamidation·isomerization·산화 hotspot을 서열에서 미리 찾아냅니다.
그 아래 공정은 파트너 시설에서 수행됩니다. 실험안을 설계하고, 데이터를 모델링해 다시 설계로 돌립니다:
분석 · 검증
설계 결과를 실측으로 검증합니다
무엇을 측정할지 설계하고, 나온 데이터를 해석해 다시 모델로 돌립니다. 측정 자체는 의뢰 기관의 코어 퍼실리티나 위탁 시설에서 수행합니다. 자체 실험실은 구축 예정입니다.
아래 실험은 의뢰 기관의 코어 퍼실리티나 위탁 시설에서 수행됩니다. 2008년부터 직접 다뤄온 경험이 패널을 설계하고 결과를 읽어내는 근거입니다:
research
검증 가능한 기록
이 페이지의 주장은 문헌과 PDB에 남아 있는 기록 위에 있습니다. 누구나 확인할 수 있습니다. 대표 3편을 먼저 두고, 논문 15편과 학회 발표를 연도순으로 싣습니다.
Structural basis for antibody recognition of the proximal MUC16 ectodomain
Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex
Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity
전체 논문 · 학회 발표
Dual effects of a TGF-β inhibitor in ALS — inhibiting contracture and neurodegeneration
Surface-specific antigenic peptide designs of HPIV-2 hemagglutinin-neuraminidase and fusion protein for anti-viral immunotherapy
Targeting galectin-3 with a high-affinity antibody for inhibition of high-grade serous ovarian cancer and other MUC16/CA-125-expressing malignancies
DIRAS3-derived peptide inhibits autophagy in ovarian cancer cells by binding to Beclin1
Inhibiting oral intoxication of botulinum neurotoxin A complex by carbohydrate receptor mimics
Translocation of botulinum neurotoxin serotype A and associated proteins across the intestinal epithelia
Botulinum neurotoxin A complex recognizes host carbohydrates through its hemagglutinin component
High-resolution crystal structure of HA33 of botulinum neurotoxin type B progenitor toxin complex
Structural basis of agrin–LRP4–MuSK signaling
Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner
Evolution of non-specific lipid transfer protein (nsLTP) genes in the Poaceae family: their duplication and diversity
Abnormal cell division caused by inclusion bodies in E. coli; increased resistance against external stress
Separate expression and in vitro activation of recombinant Helicobacter pylori urease structural subunits
언론 보도
ELSEEK 소개
단백질부터 저분자까지, AI로 설계합니다
하나의 표적에 항체·나노바디·단백질 바인더·저분자·분해유도제를 모두 올려놓고, 설계와 우선순위까지 끝낸 상태로 넘겨드립니다. 아래는 이 역량을 만든 사람과, 우리가 직접 들고 가는 자체 프로그램입니다.
about
Kwangkook Lee, Ph.D.
창업자 겸 CEO · AI 분자 설계 · 구조생물학
고려대학교 박사 · MD Anderson 조교수 · 하버드 의대 / MGH 연구책임자
ELSEEK은 AI로 분자를 설계합니다. 항체와 나노바디, 단백질 바인더, 저분자와 분해유도제(PROTAC)까지 다룹니다. 표적이 정해지면 생성 모델이 후보를 제안하고, 물리 기반 계산이 결합 구조와 친화도를 예측해 우선순위를 매기고, 구조 수준의 검토로 실험에서 확인할 가치가 있는 후보만 남깁니다. 승부는 그 우선순위에서 갈립니다. 순위를 잘못 매기면 실험 한 회차를 통째로 쓰고도 쓸 만한 답이 돌아오지 않습니다.
AI 구조 예측은 무엇을 넣든 답을 내놓고, 신뢰도 점수가 높아도 정작 바인더를 결정하는 자리 — 결합 계면에서 틀릴 수 있습니다. 창업자는 실제 회절 데이터로 구조를 풀고 전자밀도 맵을 직접 읽으며 원자 위치를 맞춰온 사람입니다. 어디가 데이터로 뒷받침된 자리이고 어디가 모델이 채워 넣은 자리인지 구분합니다. AI 도구만 다뤄온 설계자와 갈리는 지점이 여기입니다.
구조를 예측하는 일과 구조를 결정하는 일은 다릅니다. ELSEEK은 두 가지를 모두 해왔습니다.
회사소개 · 자체 프로그램
자체 파이프라인
하나의 표적을 여러 양식으로 동시에 공략합니다. 양식마다 닿을 수 있는 자리가 다르기 때문입니다. 플랫폼이 넓은 이유가 여기에 있습니다.
치매 임상 파이프라인은 저분자와 바이오로직이 반반입니다. 양식으로는 갈리지 않습니다. 갈리는 것은 뇌로 들어가는 길입니다 — Roche의 trontinemab은 항체가 아니라 운반체를 바꿔 뇌 전달량을 8배로 올렸고, ARIA 없이 3개월 만에 아밀로이드를 지웠습니다. 운반체 설계는 수용체 계면의 결합 강도를 맞추는 일이고, 저희가 다루는 문제가 그것입니다.
이 표적군은 처음 다루는 영역이 아닙니다. 난소암 표적인 암세포 막단백질 MUC16의 막근접 ectodomain에 항체가 결합한 복합체 구조를 제1저자로 규명했고(J Ovarian Res 17:41, 2024), 그 표적을 겨냥한 다중특이 T세포 관여자를 직접 설계했습니다. 같은 4H11-scFv를 기반으로 한 CAR-T는 1상 임상으로 이어졌습니다 — NCT02498912.
단백질 치료제와 백신이 주사로만 투여되는 이유는 장 상피를 통과하지 못하기 때문입니다. 통과하는 기전은 창업자가 제1저자로 규명했습니다 — E-cadherin 접착을 끊어 상피세포 사이 경로를 여는 과정입니다(Science 2014, PLoS Pathogens 2013). 그 복합체를 그대로 쓰지 않습니다. 통과 기능은 남기고 독성은 걷어낸 변이체를 생성 모델이 제안하고, 물리 기반 계산이 만들기 전에 순위를 매깁니다. 2026년 10월 미국 가출원, 제1발명자.
01·02는 연구 단계입니다. 03은 설계를 마치고 동물 실험 진입을 앞두고 있습니다. 표적은 협의 후 공개합니다.
how we work
설계를 맡기실 수 있습니다
자체 프로그램과 함께 외부 설계를 수탁합니다. 결정 구조든, 서열이든, 아직 검증되지 않은 가설이든 — 표적만 있으면 시작합니다. 돌려드리는 것은 후보 목록이 아니라 순위와 그 순위를 만든 근거입니다. 무엇을 먼저 만들고 무엇을 먼저 측정할지가 벤치에 올라가기 전에 결정됩니다.
협력 기관 · 의뢰 유형
직접 수탁
설계 수탁
표적은 있는데 그에 맞는 바인더·분해유도제·저분자가 필요한 경우. 후보를 설계해 근거와 함께 전달합니다.
공동연구
설계와 구조, 실험이 함께 반복되는 장기 과제. 연구실과 루프를 같이 돕니다.
국가연구개발사업 · 혁신법상 역할
주관연구개발기관
ELSEEK이 과제를 주관해 신청하고 전체를 수행합니다. 설계·구조 계산이 과제의 중심일 때.
공동연구개발기관
주관기관과 협약으로 과제를 분담합니다. 설계·구조 work package를 맡아 함께 수행합니다.
위탁연구개발기관
주관기관이 맡긴 일부를 수행합니다. 혁신법은 위탁 범위를 “특수한 전문지식 또는 기술이 필요한 부분”으로 한정합니다 — 설계·구조 계산이 정확히 그 자리입니다.
돌려드리는 것
- 01표적 구조 분석
- 02바인더·저분자 설계
- 03구조 예측·도킹
- 04발현·정제 설계
- 05구조·biophysics 검증
전 구간을 다 맡길 필요는 없습니다. 막힌 지점을 말씀해주시면 거기서 시작합니다. 설계와 해석은 저희가 맡고, 실험 수행은 의뢰 기관의 시설이나 위탁 시설에서 진행합니다.
프로젝트 시작
당신의 표적, 우리가 설계합니다
표적과 막혀 있는 지점을 알려주세요. 무엇을 설계할지, 어떻게 확인할지 정리해서 회신드립니다. 설계 수탁, 공동연구, 국가연구개발사업 참여 — 어느 쪽이든 같은 자리에서 시작합니다.
연락처
기밀 자료는 NDA 체결 후 주고받습니다. 첫 메시지에는 넣지 않으셔도 됩니다.
- 이것만 있어도 됩니다표적 이름 하나. 또는 막혀 있는 지점을 한 문장으로.
- 있으면 더 좋습니다구조나 서열, 결합·어세이 데이터, 생각하고 계신 양식 — 항체·나노바디·저분자·PROTAC 등.
상담 버튼을 누르면 항목이 적힌 메일 초안이 열립니다. 모르는 칸은 비워 두세요.
- 회신영업일 2일 이내, 무엇을 설계할지와 필요한 것을 정리해 보내드립니다.
- 비밀유지계약기밀 자료를 주고받기 전에 체결합니다. 양식은 어느 쪽 것이든 좋습니다.
- 범위 합의어느 구간을 맡고 무엇을 돌려드릴지 정합니다. 설계 수탁·공동연구·국가과제 중에서요.
진행 방식 자세히 보기 · 설계와 해석은 저희가, 실험 수행은 의뢰 기관이나 위탁 시설에서 진행합니다.